Bu göreve atandıktan sonra bir çok eleştiri alan Türköne, bugün istifasını verdi.
Türköne istifa ettikten sonraki ilk açıkmalasını S Haber'e yaptı. Türköne, "Benim gibi düşünen birinin o kurumda faydalı olacağını düşünüyorum... Ama sanıyorum bunun için Türkiye'nin biraz daha beklemesi gerekiyor."
"Kamuoyundan gelen tepkilerden böyle bir kurumun içinde, bu tür eleştirel düşüncelere henüz hazır olunmadığı sonucunu çıkardım." diyen Türköne şöyle devam etti:
"Sanıyorum, Cumhurbaşkanımız da benim gibi bu tür görüşlere, böyle bir karşılık verileceğini hesaplayamadılar, düşünmediler"
Demokratik ülkelerde, özgürlükçü demokrasilerde her türlü görüşün olması gerektiğini ifade eden Türköne, "Benim gibi düşünen birinin o kurumda faydalı olacağını düşünüyorum, çünkü eleştirel bakıyorum ben. Eleştirinin olduğunu yerde ilerleme olur, bilimin özü eleştiridir. Ama sanıyorum bunun için Türkiye'nin biraz daha beklemesi gerekiyor" dedi.
Türköne, tepkilere neden olan "kendisine Atatürkçü tanımlamasının yapılmasını hakaret olarak algılayacağı" sözlerinin de arkasında durdu. Türköne, "Elbette Atatürkçü değilim, çünkü benim aklım fikrim var. 1938, aradan geçen süre, bilim, medeni, dünya, modern dünya bütün bunlara sırtımız dönemeyiz. Atatürk bizim için çok büyük bir değer vatan gibi, bayrak gibi. Ama Atatürkçülük, 27 Mayıs 1960'tan sonra icat edilmiş bir darbe ideolojisidir" diye konuştu.
Türköne, Habertürk TV'de katıldığı bir proğramda, "Atatürkçü olmayı hakaret sayarım" demişti.